中心成立于2013年6月，由华中师范大学牵头，与湖北省人民政府研究室、湖北大学、中国电信股份有限公司湖北分公司协同共建。湖北大学作为协同单位于2013年对应成立“湖北大学信息化与基础教育均衡发展协同创新中心”，并获得科研经费150万元。

中心自成立来，立足湖北，建成了19个县域实验区，并将湖北经验逐步辐射到全国，建成了全国9个省20多个县域推广区。中心研究团队率先提出了非线性学习理论、双轨教学论、教育技术价值论等数字时代的创新教育理论，并得到学界广泛认可；提出了双轨乡村数字学校、有组织MOOC模式等信息化促进教育均衡发展的四种有效模式；创新了同步互动混合课堂、同步互动专递课堂、基于系统化数字资源的多媒体课堂等教学结构。

2019年9月11日教育部网站公布的2019年度省部共建协同创新中心名单中，“信息化与基础教育均衡发展省部共建协同创新中心”（以下简称中心）入选，建设周期为2020年-2023年。